Theo đại diện Tổng cục Thuế, khi áp dụng quy trình mới, cơ quan thuế sẽ cung cấp cho đơn vị chi trả chương trình phần mềm để nơi này nhập danh sách, in tờ khai và gửi dữ liệu về cho cơ quan thuế để nơi này làm căn cứ cấp MST. Theo Tổng cục Thuế, cách xử lý tình thế này sẽ giúp việc cấp MST được nhanh hơn, tránh tình trạng ùn tắc từng xảy ra cuối năm 2008, đồng thời giúp cơ quan thuế giảm tải trong khâu kiểm tra và lưu giữ hồ sơ.

Theo quy trình cấp MST mới, người có thu nhập từ nhiều nguồn khi đăng ký cấp MST sẽ được chọn cơ quan chi trả để nộp hồ sơ, trong trường hợp lao động tự do có thể nộp hồ sơ trực tiếp cho cơ quan thuế. Cá nhân kinh doanh nộp trực tiếp cho chi cục thuế nơi cá nhân đăng ký kinh doanh. Do thẻ MST cá nhân hiện tại chưa triển khai được nên trong thời gian tới, cơ quan thuế sẽ cấp giấy xác nhận MST cho người có yêu cầu để người có thu nhập chịu thuế sử dụng nhằm khấu trừ khi có thu nhập phát sinh.